紫外線殺菌器消毒作用是通過微生物體內(nèi)的脫氧核糖核酸吸收紫外光線來完成。較大吸收值分別是在波長(zhǎng)200nm和265nm，而不是人們通常認(rèn)為的來自低壓燈的254nm。波長(zhǎng)為200nm的紫外光，主要是被中樞脫氧核糖核酸的核糖和磷酸鹽所吸收。而波長(zhǎng)為265nm的紫外線主要被核酸中的腺嘌呤，鳥嘌呤，胞核嘧啶和胸腺嘧啶（核糖核酸中的尿嘧啶）所吸收。在吸收紫外線輻射以后，胸腺嘧啶二聚物是較為常見的產(chǎn)物。這種產(chǎn)物是由兩個(gè)相鄰的胸腺嘧啶分子結(jié)合而形成的。紫外線殺菌的原理就是在于，這些二聚物和另外一些光化產(chǎn)品可以阻止脫氧核糖核酸的復(fù)制和再繁殖，從而達(dá)到殺死細(xì)胞的目的。

另外對(duì)于脫氧核糖核酸和核糖核酸，紫外線能夠引起細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)、酶和其他分子的光化學(xué)反應(yīng)。蛋白質(zhì)的吸收峰值大約在280nm左右，然而在蛋白質(zhì)中的縮氨酸根則吸收240nm以下的紫外線。紫外線也對(duì)其他的不飽和生物分子有殺傷力，例如：輔酶、荷爾蒙和電子負(fù)載體。當(dāng)然，紫外線對(duì)分子的影響，不僅僅作用于脫氧核糖核酸和核糖核酸，它對(duì)大一些的微生物也有顯著的作用，例如真菌類、原生動(dòng)物和藻類。雖然紫外線不能像作用于脫氧核糖核酸一樣，刺穿這些較大的微生物，但是它還是能用破壞其他分子的方法達(dá)到殺菌效果。